DSE's historie går helt tilbage til ungdomsoprøret i 1960'erne. Dengang begyndte langt flere elever at gå længere tid i skole og tidens ånd var demokrati og samtale. Elevrådene udsprang af denne ånd og i 1969 betød det oprettelsen af den første organisation på landsplan - Landsorganisationen af Elever (LOE). Organisationens storhedstid var 1970'erne, hvor der blev samlet titusindvis af elever til demonstrationer for bedre skoler.

I 1985 blev organisationen splittet i to på grund af politiske uenigheder. Splittelsen varede ved op gennem 1990'erne, hvor Danmarks Elev-Organisation (DEO) og Folkeskoleelevernes Landsorganisation (FLO) kæmpede om at blive elevernes repræsentant. Uenighederne og splittelsen varede ved indtil 2004 hvor DEO og FLO fusionerede og dannede DSE.

Siden 2004 har DSE udviklet sig markant - både organisatorisk og politisk. Antallet af medlemmer, deltagere på arrangementer, aktiviteter og aktive er mangedoblet og der har været afholdt flere store kampagner. Af vigtige politiske begivenheder kan nævnes følgende:

2006: demonstrationer mod regeringens afskaffelse af gruppeeksamen

2007: kampagne for ny undervisningsmijølov, bl.a. med demonstrationer under folketingsvalgkampen

2009: deltagelse i kampagnen Ungvalg '09, engagerede 16-17-årige i de kommunale ungevalg

2010: aktiv samarbejdspartner omkring regeringens 360 graders revision af folkeskolen.